Ketua Komisi Pemilihan Umum (KPU), Mochammad Afifuddin, mengungkapkan bahwa Provinsi Papua menjadi wilayah dengan anggaran terbesar untuk pelaksanaan Pemungutan Suara Ulang (PSU). Hal ini juga berlaku untuk PSU pemilihan Bupati di kabupaten Boven Digoel, Provinsi Papua Selatan. Menurut Afifudin, Papua menjadi penyumbang terbesar anggaran PSU karena memiliki banyak kabupaten di dalamnya. Awalnya, anggaran PSU seharusnya ditanggung oleh APBD, namun ternyata tidak mencukupi. Sebagai alternatif, 70 persen biaya PSU dapat diambil dari APBN, meskipun hal ini masih dalam tahap kajian.
Namun, Afif menegaskan bahwa penyerapan anggaran dari APBN masih dalam proses penelitian. Dia juga menyebut bahwa daerah yang tidak melaksanakan PSU dapat menggunakan sisa anggaran untuk membiayai Pilkada ulang. Hal ini sesuai dengan putusan Mahkamah Konstitusi (MK) yang mewajibkan 14 daerah untuk melaksanakan PSU, dengan batas waktu pelaksanaan yang berbeda-beda.
Di antara daerah yang melaksanakan PSU di semua Tempat Pemungutan Suara (TPS) adalah Kota Banjarbaru pada 25 April 2025 dan Kabupaten Pasaman juga pada tanggal yang sama. Afif menyoroti kompleksitas mekanisme penggunaan sisa anggaran dari daerah yang tidak melaksanakan PSU untuk keperluan lain seperti Pilkada ulang.
